Die Grundausstellung zeichnet ein vielfältiges Porträt des Mystikers, Mittlers und Menschen Niklaus von Flüe und folgt seinen Spuren bis in die heutige Zeit.
Das Museum Bruder Klaus Sachseln befindet in einem der schönsten Bürgerhäuser Obwaldens, dem Peter-Ignaz-von-Flüe-Haus, schräg vis-à-vis der Pfarr- und Wallfahrtskirche. Haus und Garten sind im französischen Stil gestaltet und weitgehend im ursprünglichen Zustand erhalten.
In Haus und Garten finden wechselnde Kunstausstellungen statt.
Das Museum ist zwischen Palmsonntag und Allerheiligen geöffnet..